شیخ صدوق در حدود سال ۳۰۶ در قم متولد شد. تولدش با آغاز نیابت حسین بن روح سومین نائب خاص حجت بن حسن هم‌زمان بوده‌است.

پدر شیخ صدوق علی بن حسین بن موسی بن بابویه، از فقهای بزرگ شیعه و در زمان حسن عسگری و حجت بن حسن می‌زیسته و مورد احترام آن امامان بوده‌است. (هر دو پدر و پسر معروف به ابن بابویه و صدوقین هستند)

دربارهٔ تولد شیخ صدوق در کتاب‌های شیعه آمده‌است که پدر او بعد از گذشت ۵۰ سال از عمرش، دارای فرزند نشده بود. از این رو برای حسین بن روح سومین نائب حجت بن حسن نامه می‌نویسد و از او تقاضا می‌کند که درخواست او را به حجت بن حسن برساند. در جواب این نامه، حجت بن حسن برای پدر شیخ صدوق می‌نویسد: «از خداوند خواستم دو پسر روزیت کند که وجودشان، خیر و برکت باشد.» از این رو وی «متولد به دعای امام زمان» نیز خوانده می‌شود.

وی از طرف رکن الدوله دیلمی پادشاه ری به آن شهر دعوت شد و در آنجا اقامت گزید و نزد آن پادشاه شیعی و وزیر نامدار و دانشمندش صاحب بن عباد با احترام زیاد می‌زیست و ریاست روحانی شیعیان عصر به او رسید. وی سپس به شهرهای خراسان، ماوراءالنهر، نیشابور، بلخ و بخارا سفر کرد و به منظور حج و زیارت ائمه به حجاز و عراق رفت و در شهرهای کوفه و بغداد دانشمندان از محضرش استفاده کردند و سپس به ایران بازگشت و در سال ۳۸۱ هجری در ری از دنیا رفت.شیخ صدوق ابن بابویه قمی، که یکی از علمای بزرگ شیعه است، به خاطر فشار حکومت در سخت گیری بر شیعیان، زندگی در قم برایش مشکل شد و به طرف یکی از روستاهای بلخ، که ساکنان آن همه شیعه بودند، مهاجرت کرد و شیعیان با گرمی از او استقبال نمودند و از ایشان تقاضای نوشتن کتاب فقهی کردند. ایشان نیز کتاب مهم و معروف خود، من لایحضره الفقیه، را در این روستا تألیف نمود.

نخستین کسی که ابن بابویه را صدوق نامیده ابن ادریس حلی است، ولی پس از وی تا زمان شهید اول، علامه مجلسی، این لقب شهرت نداشته است